全基因组测序最优解决方案
1+1+1>3
全基因组测序服务“三合一”最优解决方案
——ABI 3730 + Roche 454 + Illumina Solexa
我公司自2003年成立以来，一直致力于微生物、植物、动物等方面测序研究，现已完成近50个全基因组测序和生物信息学分析，研究成果发表于
Nature、PNAS、Molecular Microbiology、Journal of Bacteriology、PLoS ONE等国际权威刊物。由此奠定了我公司在基因组学、功能基因组学领域内权威专家的领头地位。
经过多年的实验研究，在使用ABI3730、Roche454、Illumina solexa进行测序服务的过程中积累的大量经验，基于对各种测序方法优劣势的总结，现推出ABI 3730+Roche 454+Illumina Solexa全基因组测序三合一最优解决方案，使1+1+1>3成为可能！
测序流程图
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Roche 454测序由于其较高的读长和测序质量，可以很方便的进行de novo的基因组框架构建，但由于其性价比较低，我们建议仅进行de novo拼接所必需数量的454测序。对于4-5Mb的常见原核基因组而言，大约需要80-100Mb的454测序结果以完成基因组的初步拼接。Solexa测序性价比较高，虽然难以用于de novo测序，却可以通过粘帖的方式迅速提高基因组区域的覆盖倍数，以得到准确的碱基信息。同时，使用双末端测序的Solexa序列可以为拼接得到的基因组片段提供进一步拼接所需的定位信息，简化后续的Gap filling工作。
454和Solexa作为新一代的测序技术，在碱基准确性上均有一定的不足。454测序技术由于使用焦磷酸测序技术，连续单碱基重复区域的测序质量很差，常常会引入单碱基的缺失或者插入。而Solexa测序技术由于四种碱基荧光信号的不平衡，会出现AT分离和基因组某些位点的特定测序错误。由于两种测序方法在原理和操作上均不相同，将两者合用，相互比较结果，可以避免各自的测序系统性错误，从而大大提高基因组测序的准确性。
ABI 3730作为传统测序方法，有其独特的优势，由于其序列读长最长，准确度最高，单位样本费用最低，是进行PCR测序的唯一选择。当使用新一代测序系统完成大规模测序后，基因组通常都还会留有一些未能覆盖到、碱基质量差或者重复的序列，使基因组无法完整呈现，因此，可以利用ABI 3730的优势，使用ABI 3730测序进行基因组Finish工作，可以在1-2个月内得到最佳测序结果。
三种测序方法优劣势比较
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测序名称
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优势
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劣势
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ABI 3730
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读长最长，使用fosmid库或BAC文库更可以达到40-100Kb的双末端测序
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周期较长、需较大的人力物力、价格昂贵
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Roche 454
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读长较长，新推出的双末端测序试剂盒可以提供长达8-20Kb的高质量双末端测序，单一读长的准确性超过99.5%，但错误有固定模式。
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性价比较低；
连续单碱基重复区容易发生碱基移码错误
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Illumina solexa
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通量最高，价格最低，碱基错误率1.5%，并且错误有明显倾向。
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读长最短
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服务承诺
1. 454测序平均读长承诺350bp，提供10倍以上的测序结果；GA IIx Solexa测序平均读长承诺50bp，提供80倍以上的测序结果。
2. 全基因组精细图达到全基因组少于100个Contigs，基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度达98%以上，单碱基错误率低于十万分之一。
3. 完成图得到完整全基因组序列，无片段错拼和遗漏，单碱基错误率低于十万分之一。
4. 提供超高通量，高效率，高重复性，高准确率，低成本，完备的生物信息学分析。