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真菌染色体定位

动植物基因组de novo测序



问:正在做一个真菌基因组测序的项目,目前通过高通量测序数据拼接,获得了200多条序列,想减少序列数量,增加完整性,最好有几条染色体就拼成几条序列,如何解决?

答:要想获得染色体级别的结果一般需要图谱辅助完成,单纯靠高通量拼接很难获得染色体级别拼接结果,即使获得染色体级别拼接结果也很难确认染色体末端。天津生物芯片利用Argus获得光学图谱(Optical Mapping),可以很快地检测真菌染色体的末端,辅助高通量拼接获得染色体水平拼接结果。
问:做了真菌基因组测序,投了一篇文章,但reviewer希望能够将序列进行染色体定位,如何解决?
答:序列的染色体定位一般依赖于遗传图谱、物理图谱,以及BAC-FISH杂交等技术。如果想短期内获得染色体信息,基因组光学图谱可以短期做到。(更多问题咨询,请点击


问:如何避免基因组中的重复序列造成的组装错误?
答:应用新一代高通量测序技术,构建200bp、500bp、2Kb、6Kb、10Kb、20Kb等不同大小的DNA测序文库,进行双末端海量测序,可以避免基因组中的重复序列造成的错拼。当测序数据量达到基因组大小的60倍以上时,即可保证基因组的完整性和序列中单碱基的准确性。

问:如何检测基因组组装的准确性?
答:目前,主要可以通过以下几种方法来检验基因组组装的准确性。①通过构建BAC或Fosmid文库,并进行常规测序,将所得序列与拼接好的Contigs做比对以判断基因组组装的准确率。② 将已知的基因序列与拼接好的Scaffolds做比对,查看两者是否吻合,吻合度越高,表明基因组组装越好。而且已知的基因序列越多,评价结果越可靠。③ 估计组装后基因组的单碱基准确度,利用新一代测序技术,如果95%以上的基因组单碱基覆盖度超过20×,则认为该基因组的单碱基准确度较高。

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