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人间四月天,这厢好礼相送 细菌基因组测序,优惠震撼来袭

发布日期:2017-4-12

活动说明

  历时多年的技术经验积累,国内外借助PacBio三代测序技术于细菌基因组学研究领域发表的论文已有数百篇,为了让中国科研者更好地完成科研项目,天津生物芯片现限时推出细菌基因组PacBio三代测序优惠大放送活动。 

细菌基因组通常比较小,大多在5MB以内,建议采用Pacbio RS II平台测1SMRT Cell,获得800Mb-1.4Gb的数据,然后对于三代测序数据进行单独组装获得基因组完成图。三代测序平台的错误在于随机误差,因此可通过增加数据覆盖度显著降低错误率。

根据Pacbio官方提供的参考标准,细菌/真菌基因组覆盖大于80×,碱基准确度已接近99.99999%(QV70),即相当于每一千万个碱基中约发生一个碱基错误。以上研究方案在碱基准确度、基因组覆盖及组装结果方面均可获得较好结果。

技术优势

1,无GC偏好,对于GC%正常菌株和GC%异常菌株,Pacbio RS II 平台均可获得高质量测序数据;

2,可获得0 gap 基因组完成图,1contig=1条染色体;

3,对于包含质粒的菌株,不仅可获得完整的细菌基因组,还可同时获得完整的质粒基因组序列。

成功案例

  2016年,天津生物芯片利用PacBio RS II平台,对GC含量高达70%的细菌进行了基因组完成图测序,仅用了1cell测序,获得了超过1.2Gb的测序数据,实现该菌基因组200X以上测序覆盖,随后利用天津生物芯片自主研发软件进行De novo拼接,最终获得高准确性的基因组完成图。

       

关于TBC

   2013年,天津生物芯片率先在国内提供PacBio RS II三代测序服务,天津生物芯片已积累丰富的项目经验,成为中国三代测序技术应用的领跑者。2016年,天津生物芯片引进最新的美国三代测 序平台Sequel,以满足呈指数增长的三代测序服务需求,从而继续领跑中国三代测序服务市场。截止目前,公司在NatureNature CommunicationsPNAS等杂志累计发表SCI论文超过130篇,总影响因子超过500

问题解答 
1、细菌完成图用第三代单分子测序Pacbio  RS II平台还是SEQUEL 平台
       答:SEQUEL 单个CELL数据量大约5GRS II单个CELL数据量1G细菌的话1G数据量足够完成图了。从技术上说,都可以,从成本上RS II更合适

2、第三代单分子测序平台的单碱基准确率低,如何保证拼接结果的准确性?
      答: 第三代单分子测序平台的结果为单分子测序的结果,单碱基准确率仅为 87%,但其测序错误无偏好性,通过对某一个碱基的高覆盖,拼接结果的准确率可以达到 99.9% 以上。后续我们进一步利用高准确率的二代测序数据对拼接结果进行校正,确保最终拼接结果的准确率达到99.99% 以上。
3、项目周期以及工作日如何保证?
      答:  微生物基因组测序成图为 20个工作日。我们的工作日一般都是从样品提取检测合格的日期开始计算。个性化分析内容的项目周期需要视具体情况而定。

 

项目联系方式

天津生物芯片技术有限责任公司

地址:天津经济技术开发区海云街80号融通大厦AB2-3 

电话:022-66229538                传真:022-66226983

邮箱:tjbiochipmk@126.com    QQ:2869494262

注:本活动最终解释权归天津生物芯片所有

 

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