真菌基因组精细图

真菌基因组精细图

     天津生物芯片采用构建不同大小DNA插入片段的测序文库,进行Illumina 短片段测序和末端配对测序(Mate-Pair,MP)。当测序数据量达到基因组大小的100×以上时,即可保证基因组组装结果达到精细图的标准。

一、真菌基因组精细图

技术路线

 

 

天津生物芯片真菌基因组精细图技术路线

二、真菌基因组精细图研究目标
       真菌基因组覆盖度达到95%以上,基因区覆盖度达到98% 以上,单碱基的错误率达到10万分之一以内, Scaffold N50大于300kb;进行全基因组精细注释、基因功能注释。

三、技术优势
1、丰富的经验,基于十余年基因组学研究经验及强大的生物信息学综合技术平台支持,为客户提供从制定研究计划到获得研究成果的全面解决方案。
2、专业的实验团队,为实验结果的真实可靠提供保障。
3、强大的生物信息学分析团队,我公司拥有一支优秀的生物信息学团队,团队中80%的工作人员具有博士学位,长期从事生物信息学分析,实现基本生物信息学分析标准化、流程化,个性化分析定制化,确保高水平的基因组分析结果。
 
四、生物信息学分析内容
1、原始数据进行去除接头序列及低质量reads处理;
2、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估;
3、序列拼接;
4、基因注释 、基因功能分析 、KEGG通路分析;

5、基因组比较及进化分析,新基因预测;

6、可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

 

五、真菌基因组精细图成功案例

1.高山被孢霉(Mortierella alpina)——工业真菌

2.少孢节丛孢(Arthrobotrys oligospora)——捕食线虫真菌

实验周期

从客户获得合格样品后40个工作日内完成文库构建、上机测序和生物信息学分析工作
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