Small RNA测序

    Small RNA是一类高度保守的长度在18-30 nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA、piRNA。是生物体内一类重要的调控分子,参与细胞生长、发育、代谢、基因转录和翻译等诸多生物学过程,在疾病的发生发展转归的病理过程中也具有非常重要的作用,是一类新的极具开发潜质的生物标志物和药物靶标。Solexa测序技术可以提供一套全新独特的,适用于各个物种的小RNA深度鉴定与定量分析的研究平台。通过大量的平行测序,可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱,可以更深入的研究其功能。应用这种低成本快速测定数百万标签序列的新方法,Illumina Genome AnalyzerⅡx提供了解密小RNA图谱独一无二的方法。


 一、技术路线:

天津生物芯片小RNA测序

二、技术优势:
■ 可针对真核和原核small RNA开展测序工作
■ 链特异性测序,保留了small RNA的原始链定位信息,有利于研究small RNA的表达调控机理
■ 拥有丰富small RNA测序和生物信息学分析经验,充分保障测序和分析结果的准确性和可靠性。
■ 大范围内准确的序列检测和定量分析,有助于低丰度small RNA差异表达的研究。

 

三、信息学分析
1.  标准信息分析
■ 原始数据去除接头序列及低质量reads的处理
■ 数据产出统计及测序数据的成分和质量评估
■ 已知Small RNA注释及新miRNA预测
■ miRNA降解片段鉴定
■ miRNA同源性结构、差异表达分析、表达谱聚类分析
■ miRNA靶基因预测、功能注释、pathway和Gene Onlotogy显著性富集分析
2.  定制化信息分析
    可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

  

四. 成功案例

    天津生物芯片公司成功摸索出一套双端高效去除16s rRNA 和23s rRNA的新技术,去除率达到80%以上,确保细菌转录组测序及后期的生物信息学分析的顺利进行。曾成功地对一株高GC含量(GC含量高达68%, 常见菌株GC含量为52%-55%)的细菌转录组进行测序,获得总数据量达1.6G, 覆盖度达到100X,其中有效mRNA>40%,高覆盖基因>70%, 发现非编码小RNA42个。
    天津生物芯片原核生物转录组测序平台先进而完善,在国内乃至世界首屈一指,对微生物的代谢通路和分子进化研究更是处于国际领先水平。

 

五. 实验周期
    从客户获得合格样品后60个工作日内完成文库构建、上机测序和生物信息学分析工作。

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