转录组测序

     转录组学,是一门在整体水平上研究细胞中所有基因转录及转录调控规律的学科。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括 mRNA和非编码RNA 。相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种、任意细胞类型进行转录组检测,能够提供更准确的数字化信号,更高的检测通量和更广泛的检测范围,另外,新一代高通量测序技术可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一个状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs)等生命科学的重要问题。天津生物芯片技术有限责任公司可以为您提供全面的转录组测序服务、基于测序数据的专业和定制化的生物信息学分析服务。

一. 转录组测序技术路线

二. 技术优势
1. 标准化文库构建和测序流程,并通过人为添加内参的方法,控制文库构建和测序导致的偏移,增加转录组测序的可重复性和准确性。
    在获得总RNA样品后,我们将总RNA中加入不同长度、不同丰度和不同GC含量的mRNA作为spike-in control,监测文库构建及测序过程中的检测底线、动态范围及测序偏移。

2. 可实行链特异性测序技术,能够区分正义链或反义链信息,其对于转录组的功能分析具有十分重要的意义。

3. 转录组测序的结果分析在转录组的研究中至关重要。我公司拥有一支优秀的生物信息学团队,团队中80%的工作人员具有博士学位,长期从事生物信息学分析,实现基本生物信息学分析标准化、流程化,个性化分析定制化,确保高水平的转录组测序结果分析。

三. 生物信息学分析内容:
无参考基因组序列的转录组

1.  标准信息分析
1)对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理;
2)数据产出统计及测序数据的成分和质量评估;
3)组装结果分析;
4)Unigene功能注释及COG分析;
5)Unigene的GO分类;
6)Unigene代谢通路分析;
7)预测编码蛋白框(CDS);
8)Unigene表达差异分析;
9)Unigene在样品间的差异GO分类和Pathway富集性分析;
10)SNP分析(仅针对真核生物);
11)SSR开发及引物设计(仅针对真核生物)。
2.  定制化信息分析
可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
有参考基因组序列的转录组
1.  标准信息分析
1)对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理;
2)测序评估; 统计rRNA比例(需提供rRNA参考序列)(仅针对原核生物)
3)基因表达注释;
4)基因差异表达分析;
5)差异基因的表达模式聚类分析(仅针对真核生物);
6)差异表达基因GO功能富集分析(仅针对真核生物);
7)差异表达基因Pathway显著富集分析(仅针对真核生物);
8)对基因结构进行优化(仅针对真核生物);
9)鉴定基因的可变剪接(仅针对真核生物);
10)新转录本预测及注释;
11)SNP分析。
2.  定制化信息分析
    可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

四. 成功案例

   在原核生物的细菌转录组测序中细菌的核糖体沉降系数分为3种,分别是5s、16s和23s,其中16s rRNA 和23s rRNA约占rRNA总量的95%,因此,有效去除16s rRNA 和23s rRNA是成功完成转录组测序及后期生物信息学分析的关键。

    天津生物芯片公司成功摸索出一套双端高效去除16s rRNA 和23s rRNA的新技术,去除率达到80%以上,确保细菌转录组测序及后期的生物信息学分析的顺利进行。曾成功地对一株高GC含量(GC含量高达68%, 常见菌株GC含量为52%-55%)的细菌转录组进行测序,获得总数据量达1.6G, 覆盖度达到100X,其中有效mRNA>40%,高覆盖基因>70%, 发现非编码小RNA42个。
天津生物芯片原核生物转录组测序平台先进而完善,在国内乃至世界首屈一指,对微生物的代谢通路和分子进化研究更是处于国际领先水平。

五. 实验周期
    从客户获得合格样品后40个工作日内完成文库构建、上机测序和生物信息学分析工作。

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