天津生物芯片技术有限责任公司（TBC）引进亚太地区第一台Illumina Genome Analyzer Ⅱx测序仪，现已完成安装调试，正式进入运营阶段，全面开始提供对外技术服务。
Solexa测序技术第二代分析系统Genome Analyzer IIx是当前世界上应用最为广泛的新一代测序系统，较当前普遍使用的一次只能读取1,000个左右的碱基，且DNA样品需要长时间的制备和分析的测序仪，具有高准确性、高通量、高灵敏度和低运行成本等突出优势。可以同时完成传统基因组学研究以及功能基因组学研究。为目前遗传分析和功能基因组等研究领域提出了全新的应用方案。
Genome Analyzer IIx测序读长为75×2 bp，每次运行数据量达14~18GB。对于4~5Mb的基因组，可确保每个基因组测序量达到400Mb（~100X覆盖），足以满足全基因组de novo测序和SNP鉴定的需要。
Genome Analyzer IIx IPAR服务器
服务承诺
1. 测序平均读长承诺50 bp，每基因组测序量达400Mb。
2. 全基因组精细图达到全基因组少于100个Contigs，基因组覆盖度大于95％，基因区覆盖度达到98％以上，单碱基错误率低于十万分之一。
3. 完成图得到完整全基因组序列，无片段错拼和遗漏，单碱基错误率低于十万分之一。
4. 超高通量、高效率、高重复性、高准确率、低成本、完备的生物信息学分析和辅助研究，确保客户从研究计划到得到研究成果全过程的顺利进行。
服务内容
（一） 基因组De novo测序
（二） 转录组测序
（三） 全基因组重测序
（四） 数字化基因表达谱
（五） 宏基因组测序
（六） 小RNA测序
Illumina Genome AnalyzerⅡx系统作为当今世界上最先进、最经济的平台既可进行整个基因组序列测定也可进行基因组上一个大片断候选区域的序列测定。Solexa的芯片杂交技术与可逆中止化合物染料（reversible terminator chemistry）测序技术使之成为新一代测序技术中应用最为广泛的技术平台。
对于细菌、真菌等基因组测序，Solexa高通量测序技术和Solexa Paired-End技术使得基因组测序成本及基因组组装难度均大大降低，缩短了测序时间，用传统测序法1/5的费用和1/3的时间即可得到更高精度和覆盖倍数的基因组精细图，生物信息学分析也更加完善。
技术路线：
样品要求：
⑴ 样品纯度要求： OD值应在1.8至2.0之间；电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整。
⑵ 样品浓度： 浓度不低于200ng/ul；样品总量不低于10ug。
⑶ 请提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。 如需进行多次样品制备，需要提供多次样品制备所需样品。
（二） 转录组测序
转录组（transcriptom）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合；狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者，蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述，而由于目前蛋白质实验技术的限制，转录组成为研究基因表达的主要手段。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带，转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体。
应用领域：
1．非编码区域功能研究：Non-coding RNA研究、microRNA前体研究等
2．转录本结构研究：UTR鉴定、Intron边界鉴定、可变剪切研究、Start codon鉴定等
3．基因转录水平研究
4．全新转录区域研究
技术路线：
⑴样品纯度要求： total RNA OD值应在1.8至2.2之间；电泳检测28S:18S至少大于1.5。
⑵样品浓度： total RNA浓度不低于400ng/ul；样品总量不低于15ug。
⑶请提供total RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备，需要提供多次样品制备所需样品。
（三） 全基因组重测序
基因组的重测序可以辅助研究者发现单核苷酸多态性位点（SNPs）、拷贝数变异（Copy Number Variation, CNV）、插入（Insertion）、缺失（Deletion）等变异类型，以最廉价的方式将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。这在人类疾病及动植物育种研究等方面具有重大的指导意义。 GAⅡx新增的长插入片段（2-5kb）试剂与已有的双末端（Paired-end）短插入片段相结合，使得深入分析参考系列以外的基因组插入和结构变异成为可能。
样品要求：
⑴ 客户需要提供可以证明所提供DNA完整性和准确浓度的包括DNA检测的胶图, 紫外分光光度计（nanodrop）检测结果,或者Aglient 2100 Bio-Analyzer的检测结果中一种或多种形式的样品分析结果；
⑵ 样品纯度：OD值应在1.8～2.0 之间；
⑶ 样品浓度：样品的浓度越高越好，最低不应低于30ng/μl；样品的量：每次样品制备需要10ug样品；
⑷ DNA如果用乙醇沉淀，则可以常温运输；否则用干冰运输，时间不要超过72小时；如果利用冰袋运输，时间不要超过24小时；且在运输过程中务必将管口密封好。
（四） 数字化基因表达谱
新一代测序技术的发展使得基因表达谱分析进入数字时代，但模拟技术仍有大量拥蹙；数字化的结果有着模拟信号无法企及的优势，通过对样本中数以百万计的cDNA标签同时进行序列测定，Genome AnalyzerⅡx系统可以对整个转录组进行数字化的分析，从而得到高精度、可重复的mRNA转录丰度分析结果。而成本仅维持在与目前其他模拟化分析技术同样水平。Solexa测序技术无需利用任何转录子特异性杂交探针，可以同时进行全基因组转录子的发掘与定量分析，而无需事先知道基因组的注释情况。
|
技术特点
|
表达谱分析
|
|
检测信号
|
数字信号代替了模拟信号，提高了数据可信性
|
|
数据通量
|
高通量，一次测序可获得2.5M的Tags
|
|
检测灵敏度
|
从几个到几十万个拷贝精确定量
|
|
重复性
|
实验可重复性好
|
|
与芯片技术比较
|
实验简单，数据易分析，减少芯片可重复性差，交叉杂交，数据信号家阳性高等问题。
|
技术路线：
样品要求：
提供总RNA：浓度≥300 ng / μl、总量≥6 μg，样品需要去蛋白并进行DNaseI处理。
（五） 宏基因组测序
宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群，从而成为微生物研究的最前沿领域。
技术路线：
（六） 小RNA测序
Solexa测序技术可以提供一套全新独特的，适用于各个物种的小RNA深度鉴定与定量分析的研究平台。通过大量的平行测序，可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱，可以更深入的研究其功能。应用这种低成本快速测定数百万标签序列的新方法，Illumina Genome AnalyzerⅡx提供了解密小RNA图谱独一无二的方法。
技术路线：
样品要求：
⑴ 样品纯度要求： OD值应在1.8至2.2之间；电泳检测28S:18S至少大于1.5。
⑵ 样品浓度： total RNA浓度不低于750ng/ul；样品总量不低于40ug（Small RNA: total RNA大于0.3%）。或提供浓度大于2ng/ul，总量大于180ng的Small RNA样品。
⑶ 请提供Small RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备，需要提供多次样品制备所需样品。