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solexa+454+3730=1+1+1>3?

发布日期:2009-12-8
1+1+1>3
全基因组测序服务三合一最优解决方案
              ——ABI 3730 + Roche 454 + Illumina Solexa
 

天津生物芯片技术有限责任公司自2003年成立以来,一直致力于微生物、植物、动物等方面测序研究,现已完成50个全基因组测序和生物信息学分析,研究成果发表于NaturePNASMolecular MicrobiologyJournal of BacteriologyPLoS ONE等国际权威刊物。由此奠定了我公司在基因组学、功能基因组学领域内权威专家的领头地位。

经过多年的实验研究,在使用ABI3730Roche454Illumina solexa进行测序服务的过程中积累的大量经验,基于对各种测序方法优劣势的总结,现推出ABI 3730+Roche 454+Illumina Solexa全基因组测序三合一最优解决方案,使1+1+1>3成为可能!

 

测序流程图

 

方案分析:
一、三种测序方法的优劣势
测序名称
优势
劣势
ABI 3730
读长最长,使用fosmid库或BAC文库更可以达到40-100Kb的双末端测序
价格昂贵
Roche 454
读长较长,新推出的双末端测序试剂盒可以提供长达8-20Kb的高质量双末端测序,单一读长的准确性超过99.5%,但错误有固定模式。
性价比较低;
连续单碱基重复区容易发生碱基移码错误
Illumina solexa
通量最高,价格最低,碱基错误率1.5%,并且错误有明显倾向。
读长最短
 
二、独特的混合式拼接法
Roche 454的双末端序列de novo拼接效果极佳,解决了Solexa长距离双末端序列无法独立拼接的瓶颈。
两种测序方法相互弥补,使得基因组上因为特异结构而造成的无法测序区大量减少。
最大限度利用Roche 454和Solexa双末端关系,由于Roche 454新的双末端技术已经能跨越原核基因组上绝大部分GAP,使得原核全基因组测序正式进入一体成型阶段。
两种测序方法相互印证,所有位点均由两种完全不同的测序方法得到,解决了单一测序方法SNP正确性无法验证的弊端。
三、质量是基因组分析的决定因素
Roche454双末端测序平均读长承诺100bp,单末端序列承诺350bps, 提供70Mb以上的测序结果;GA IIx Solexa测序平均读长承诺50bp,提供400Mb以上的测序结果。
全基因组精细图达到全基因组少于40个Contigs,基因组覆盖度大于98%,基因区覆盖度达99%以上,单碱基错误率低于百万分之一。
文章发表级别的测序服务,多人全职进行GAP filling和后期拼接。
完成图得到完整全基因组序列,无片段错拼和遗漏,单碱基错误率低于百万分之一。
提供超高通量,高效率,高重复性,高准确率,低成本,完备的生物信息学分析。
 
截至目前,利用该种全基因组最优解决方案我公司已经为众多客户提供了快速、优质、低成本的全基因组测序服务,并且得到客户的一致好评。欢迎来电咨询及洽谈!