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生物信息学

硬件:拥有128核心高性能计算集群(64位CPU);800GB RAM,存储阵列容量达100TB。满足二代测序(Next Generation Sequencing, NGS),芯片实验等高通量实验数据的托管,处理及分析需求。具备高等生物基因组计划所需的计算能力。
软件:部署有PDQuest™等商业软件并拥有自行研发的GA-Plot,VirtualGenome等在内的一整套生物信息学程序/工具,覆盖蛋白质组学,转录组学到基因组学和分子进化所需。

团队:拥有一支由物理学,生物学,数学及信息科学相关背景专业技术人员及多位博士组成的交叉学科研究及开发团队,配置专人对客户进行全方面的跟踪服务,在Nature、PNAS、PLoS ONE等国际权威刊物多次发表文章。

      天津生物芯片生物信息平台                天津生物芯片生物芯片 生物信息

提供符合业界规范的数据处理及分析服务:


芯片数据
对基因芯片的表达谱数据进行预处理与归一化分析,筛选表达差异显著的基因,对表达差异的基因数据进行聚类分析,进行规模化的染色体定位分析和基于染色体和转录因子的转录调控分析,并结合基因分类数据库和信号转导数据库进行基因的分类和注释、相关代谢路径和信号通路的分析。

 

 序列数据
►基因组测序
全基因组鸟枪法测序数据拼装,基因预测及注释。基因组重测序寻找SNP, SV, CNV等遗传变异检测。基于序列的比较基因组学研究。

►RNA-Seq
通过对转录本进行高通量测序,可获得细胞内所有转录产物的序列。基于NGS转录组测序数据,可以对生物学样本中基因的表达丰度进行相对定量,并可对样本间的差异表达进行检测。

►ChIP-Seq
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

►miRNA-Seq
基于高通量测序,产生大量可供分析的小分析全长片段,适用于各个物种的small RNA深度鉴定、定量分析及样品间的差异表达分析,可以更深入地研究small RNA,如鉴定新的small RNA,检测microRNA,siRNA和piRNA的表达。

►宏基因组学
使用高通量并行测序技术捕获环境样本中的DNA序列,通过序列分析,了解样本中微生物的遗传组成及群落功能。对环境样本进行DNA提取后进行16S或18S等区域扩增,再对扩增产物进行建库、测序,然后对所得的数据进行生物信息学分析。生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取样充足性分析、丰度和多样性分析、菌群间差异分析等。

 

 

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