Roche 454 测序

罗氏454测序系统是较早出现的新一代测序系统,其应用成果在NatureScience上发表了多篇论文。454系统自推出以来进行了多次升级,GS FLX序列分析仪的配合Titanium系列测序试剂具有更高的测序通量(400Mb每反应),具有更加广泛的灵活性和准确性,并且保持了新一代测序技术中运行速度快(3-5天)和高单序列读长(400 bp)的优势,而且单一读长的准确性可以超过99.5%,完整测序结果一致准确性大于99.99%Titanium系列中的新成员,长距离Paired-End试剂盒更能对长达3-20kb的插入片段进行双端测序,突破了新一代测序技术对重复序列较差的瓶颈。此外,具备完整的软件包是GS FLX的一大特色,其简单易用的图形界面,可以用来进行作图、拼接和扩增产物差异检测等研究。同时GS FLX因为其测序读长,可以和传统的序列分析软件相互接轨,也是其他新一代测序技术所不能实现的。正因为其优异的性能,GS FLX系统可以广泛应用在全基因组de novo测序和BAC文库重测序、扩增产物重测序、转录组分析、基因调节的研究等基因组学研究中。

 工作原理:

    Roche GS FLX System是一种基于焦磷酸测序原理而建立起来的高通量基因组测序系统。在测序时,使用了一种叫做“Pico TiterPlate”PTP)的平板,它含有160多万个由光纤组成的孔,孔中载有化学发光反应所需的各种酶和底物。测序开始时,放置在四个单独的试剂瓶里的四种碱基,依照TACG的顺序依次循环进入PTP板,每次只进入一个碱基。如果发生碱基配对,就会释放一个焦磷酸。这个焦磷酸在各种酶的作用下,经过一个合成反应和一个化学发光反应,最终将荧光素氧化成氧化荧光素,同时释放出光信号。此反应释放出的光信号实时被仪器配置的高灵敏度CCD捕获到。有一个碱基和测序模板进行配对,就会捕获到一分子的光信号;由此一一对应,就可以准确、快速地确定待测模板的碱基序列。
 

技术优势:

■ 速度快:一个测序反应耗时10个小时,获得4-6亿个碱基对。比传统的Sanger测序的方法快100倍;
■ 读长长:单个序列的读长更长,平均可达到450个碱基左右;
■ 通量高:每个反应可以得到超过100万个序列读长,成本大大降低;
■ 准确度高:读长超过400bp时,单一读长的准确性可以超过99%;
■ 一致性好:测序结果一致性超过99.99%。

 

应用领域:

(一)全基因组de novo测序

(二)转录组测序

(三)全基因组或基因组区域重测序

(四)扩增产物重测序

(五)宏基因组测序 

 

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