Ion torrent 测序

 

 

 

 

 
    Ion Torrent个人化操作基因组测序仪(PGMTM)是基于半导体技术的测序仪。与其他测序技术相比,使用该项技术的测序系统更简单、更快速、及更易升级。该测序仪与其他高通量测序仪特征互补,可以迅速完成应急服务项目,缩短服务周期,增加服务效率。

 

 

 

    利用Ion Torrent测序平台,针对扩增子测序、RNA链特异性测序、微生物重测序和染色质免疫沉淀测序等服务项目,建立了标准的实验操作规程,形成了标准化的生物信息学分析流程,针对上述项目已形成从序列破译到结果解析的完整解决方案。

 

 工作原理:

PGMTM测序仪的核心技术是使用半导体技术在化学和数字信息之间建立直接的联系。在半导体芯片的微孔中固定DNA链,随后依次掺入ACGT。随着每个碱基的掺入,释放出氢离子,在它们穿过每个孔底部时能被检测到,通过对氢离子的检测,实时判读碱基。从而完全摆脱了利用光路系统进行碱基识别的限制,使测序过程更简单、快捷和低成本。

 

 
 

 

 

技术优势:

♦ 测序速度快,实验周期短,从处理样品到获得结果只需要不到1天的时间

♦ 适合各种通量需求的测序芯片,可根据实验测序通量的要求选择不同的离子半导体芯片,获得最小10Mb、最大1Gb以上的高准确度序列

♦ 具有良好的测序覆盖均衡度,可以检测到以往用其他技术无法检测的区域,降低获得最佳结果所需的测序深度

♦ 具有理想的测序读长,目前测序读长为400bp

 

主要应用领域:

♦ 扩增子测序
扩增子测序是指利用PCR技术将基因组序列中的某个特定区域扩增出来进行测序,在临床上有极大的应用。针对PGMTM测序仪,自主研发了扩增子测序高通量序列拼接、比对和分析程序,并与独有的微生物分子标识数据库相结合,将能将微生物菌株鉴定到种属、血清型甚至菌株水平。
♦ RNA单链测序
RNA单链测序在转录组测序分析和small RNA测序分析领域具有重要应用价值,但目前市场上缺少原核生物RNA单链测序的试剂盒。结合前期积累的原核生物核糖体RNA消除技术,利用PGMTM测序仪建立了原核生物RNA单链测序标准化操作规程,并自主研发了配套的生物信息学分析程序,为原核生物的转录组测序和small RNA测序提供平台和技术基础。
♦ 基因组及宏基因组测序
与新一代测序相比,PGMTM测序仪具有更好的测序覆盖均衡度,可以测序获得新一代测序无法获得的区域。将PGMTM测序仪与高通量的新一代测序仪(Solexa、Roche 454等)结合使用,可应用于基因组及宏基因组测序领域。

 
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