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Chip-Seq

    染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

    ChIP-Seq原理:首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

一、技术路线:

二、信息学分析
 1.  标准信息分析
(1)测序结果进行Base calling,去除污染及接头序列;
(2)ChIP-Seq序列与参考序列比对;
(3)Peak calling:统计样品Peak信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数);
(4)统计样品Uniquely mapped reads在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;
(5)给出每个样品Peak关联基因列表及GO功能注释;
(6)在多个样品间,对与Peak关联基因做差异分析。

2.  定制化信息分析
    可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

三、应用领域

(1)判断DNA链的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰;
(2)检测RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点的精确定位;
(3)研究组蛋白共价修饰与基因表达的关系;
(4)CTCF转录因子研究。

四、收样要求
1.品纯度要求: OD值应在1.8至2.0之间;电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整。
2.样品浓度:浓度不低于10ng/ul;样品总量不低于200ug。
3.请提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据,包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备,需要提供多次样品制备所需样品。

五、实验周期
    从客户获得合格样品后40个工作日内完成文库构建、上机测序和生物信息学分析工作。


 

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