鸟枪法测序


    全基因组鸟枪法测序(
Whole Genome Shotgun Sequencing)无需构建各类复杂的物理图谱和遗传图谱,采用最经济有效的实验设计方案,直接将整个基因组打成不同大小的DNA片段构建Shotgun文库,对文库进行随机测序,最后运用生物信息学方法将测序片段拼接成全基因组序列。
    全基因组鸟枪法测序的主要步骤是:第一,建立高度随机、插入片段大小为1.6kb4kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量,即经过两端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组大小的610倍。第二,高效、大规模的克隆双向测序。第三,序列组装。借助Phred, Phrap, Consed 软件进行序列组装,产生一定数量的contig。第四,填补缺口。有两种待填补的缺口,一是没有相应模板DNA的物理缺口,我们通过PCR的方法进行填补;二是有模板DNA但未测到的序列缺口,我们直接在模板DNA上设计引物测序。
鸟枪法测序适用范围:
BACFosmidcosmid、线粒体DNA、叶绿体DNA等。
服务内容:
基本服务内容:shotgun文库构建,大规模测序,序列组装。
    高级服务内容:信息处理和分析,包括比较基因组、基因功能注释和分类。
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